Magyarországon az 1820-as évekre vált ismertté a homeopátia. Nevét hasonszenvnek magyarították, vagy szelíd gyógymódnak nevezték. Egyre több orvos tért át erre az új gyógyító módszerre. Az első homeopata nemzedék tekintélyes tagja volt Bakody József, Forgó György (Pest vármegye főorvosa), Attomyr József, Almási Balogh Pál (Széchenyi István és Kossuth Lajos háziorvosa, barátja). Ehhez az első generációhoz tartozott, de a homeopátiával csak később, az 1830-as években ismerkedett meg Kovách Pál (győri orvos, ismert drámaíró), Argenti Döme váci orvos, Moskowitz Mór (az egyik legelső zsidó származású polgár, aki az uralkodótól nemesi címet kapott), Vezekényi Horner István (a gyöngyösi kórház alapítója), Ivanovich András, Hausmann Ferenc. A 19. század első évtizedeiben még lehetőségük nyílt személyesen is találkozni Hahnemannal. Attomyr Józsefről, Kovách Pálról, Moskowitz Mórról és Almási Balogh Pálról biztosan tudjuk, hogy Hahnemann személyes hatására váltak elkötelezett homeopatává.
1819-ben – a hivatalos orvosi és gyógyszerészi intézmények tiltakozásának hatására – császári rendelettel tiltották be a homeopátiát a Habsburg Birodalom területén, de a tiltást nem tartották be szigorúan. 1837-ben a tiltó rendeletet visszavonták.
Az 1820-30-as években a nagyvárosokban több magánalapítású homeopátiás egészségügyi intézmény nyílt. Az első közülük, a nagyváradi homeopátiás lelkibeteg-gondozó, az 1820-as évek elejétől működött Sztaroveszky doktor vezetésével. 1833-ban Kőszegen, majd 1838-ban Gyöngyösön is homeopátiás kórház nyílt. Ez utóbbi 1872-re százhúsz fekvőbeteget tudott ellátni – ez volt a mai gyöngyösi városi kórház jogelődje. Ötvenhárom éven keresztül homeopátiás gyógyítás folyt az intézményben.
Az 1831-es országos kolerajárvány idején a homeopaták olyan jó eredményeket értek el a gyógyításban, amelyek már szélesebb társadalmi körben felhívták rájuk a figyelmet. 1830-ban megjelent Hahnemann Organon című műve negyedik kiadásának magyar fordítása (Bugát Pál és Horváth József orvosok munkája).
Az 1860-1870-es években Magyarországot a homeopátia fellegvárának tartották. 1865. december 28-án tizenöt orvos megalakította a Magyar Hasonszenvi Orvosegyletet a Tudományos Akadémia egyik termében. Elnöke Almási Balogh Pál, alelnöke Argenti Döme, első titkára Szontagh Ábrahám lett. Rendes tagjai közé csak orvosi diplomával rendelkező homeopatákat vettek fel.
1866-ban megnyílt az első hasonszenvi kórház Pesten: a Bethesda (a könyörületesség hajléka), amelyet a pesti német református gyülekezet tartott fenn. Egyik létrehozója és főorvosa Bakody Tivadar volt, az ápolónői feladatokat német diakonisszák látták el. Ez az intézmény volt a mai Bethesda Gyermekkórház jogelődje.
Az egylet egyik fontos célkitűzése – ingyenes járóbeteg-rendelő létesítése Pesten – 1867-ben valósult meg Szontagh Ábrahám és Wurda Sándor vezetésével Terézvárosban, a Kiskereszt (más néven Kismező) utcában. 1870-ben megnyílt a második magánalapítású homeopátiás kórház Pesten, a ferencvárosi Fő utca (később Knézich u.) 15. alatt: az Elisabethinum. A kórház fővédnökségét Erzsébet királyné vállalta, róla kapta a nevét az intézmény. Az ápolónői feladatokat irgalmasrendi apácák látták el.
1871-ben megalakult a pesti egyetem orvosi karán az első, majd 1873-ban a második homeopátiás tanszék (az országgyűlés többségi támogatásával, de az orvosi fakultás ellenvetésével). Az egyik tanszék – Hausmann Ferenc vezetésével – a tudományos kutatásokra szakosodott, Hausmann halála után, 1876-ban megszűnt. A másik tanszéknek, amelyet Bakody Tivadar vezetett, a homeopátiás terápia gyakorlata volt a profilja. A két tanszék összesen harminchárom éven keresztül állt fenn. Ezekben az évtizedekben a fővárosban több homeopátiás szereket is forgalmazó bolt működött.
1874-ben a főváros közkórházában, a Szent Rókus Kórházban megnyílt egy hasonszenvi osztály, négy kórteremmel, hetven ággyal. Az osztályos főorvos Bakody Tivadar lett. (Ez az osztály 1885-ben átkerült az újonnan létrehozott Új Kórházba, amely később a Szent István Kórház nevet kapta.)
Az emberek érdeklődése a homeopátiás gyógymód iránt a 19. század végére csökkent, amikor az akadémikus orvoslás több, látványos tudományos eredményt hozott, a homeopátia terén viszont nem következett be nagy előrelépés. A fentebb ismertetett egészségügyi intézményekben nagyrészt megszűnt a homeopátiás gyógyítás, egyre kevesebb homeopata orvos praktizált, a laikus homeopaták száma is lecsökkent. A homeopátia ügyét Schimert Gusztáv (1877–1955) élesztette újjá, aki 1918-tól 1944-ig az Elisabethinum (későbbi nevén Szövetkezetek Erzsébet Kórháza) homeopátiás osztályát vezette, emellett kiterjedt magánpraxist folytatott. Orvosi működésébe orvos fiait is bevonta (közülük a legismertebb Szentágothai János professzor volt). 1935-ben a Nemzetközi Homeopátiás Orvosi Liga Budapesten tartotta 10. Kongresszusát. Az eseménynek a Gellért Szálló és a Lloyd-palota adott otthont. A kongresszusra huszonkét országból közel százötven homeopata érkezett.
1948-tól, illetve 1950-től a homeopátiát (más alternatív gyógymódokkal együtt) „kapitalista”, nem kívánatos gyógymóddá nyilvánították. A patikák államosításakor a homeopátiás szereket is be kellett szolgáltatni, így e módszer gyakorlása lehetetlenné vált.
Az Egészségügyi Tudományos Tanács (ETT) 1990-ben megvizsgálta a homeopátia ügyét, és közölte a minisztériummal szakvéleményét: „…a homeopata gyógymód magyarországi alkalmazásának tiltása nem indokolt.” A homeopátia gyakorlása újra lehetségessé vált hivatalosan is. 1991-ben megalakult a Magyar Homeopata Orvosi Egyesület.
A Magyar Tudományos Akadémia (MTA) Orvosi Tudományok Osztályának a komplementer medicináról kialakított állásfoglalása a természetgyógyászat tudományosságán alapul. Ebben az állásfoglalásban a Homeopátiát a filozófiai alapokon nyugvó eljárások közé sorolta be.
A homeopátia elveit is alkalmazva fejlődött ki Németországban többek között az antropozófus orvoslás. Az íriszdiagnosztika magyar felfedezője, Péczely Ignác pályafutása laikus homeopataként indult, de később más utakra tért. A szérumterápia (védőoltások elmélete) eredményeit próbálták felhasználni a homeopátia tételeinek igazolására, de látszólagos hasonlóságuk ellenére ténylegesen nem vethetőek össze.
A korai időszakban a laikus homeopaták egy része kapcsolatba került más módszerekkel is, például a spiritizmussal, magnetizmussal – a modern korban ez csak egyes laikus homeopatákra jellemző. Az orvosi végzettségű homeopaták (Magyarországon hivatalosan csak ilyenek gyógyíthatnak) ma már felhasználják az akadémikus orvoslásnak mindazokat a vívmányait (elsősorban a modern diagnosztikai lehetőségeket), amik módszerükkel összeegyeztethetőek.
